Reef Encounter traite de la vie sur un récif corallien. À l’aide de tuiles de polypes, les joueurs développent différents types de coraux, qu’ils peuvent protéger des attaques des autres coraux grâce au placement judicieux de leurs quatre pions crevette. Pour réussir, les joueurs doivent consommer des polypes appartenant aux coraux voisins afin d’obtenir les tuiles de polypes « consommés », qui constituent le cœur du jeu. Ces tuiles offrent de nombreux usages et fonctionnent de manière comparable aux points d’action dans des jeux comme Tikal ou Java. Leur rôle le plus important est de permettre de retourner ou de verrouiller les tuiles de corail, lesquelles déterminent la valeur finale des différents types de coraux lors du décompte de fin de partie.