Star Trek: Fleet Captains est un jeu pour deux ou quatre joueurs se déroulant dans l’univers principal de Star Trek tel qu’il apparaît dans les séries et films jusqu’à Star Trek: Nemesis. Plus conflictuel que Star Trek: Expeditions, il oppose des factions, principalement la Fédération et les Klingons dans le jeu de base. Chaque joueur dirige une flotte de vaisseaux aux capacités variées, assemblée selon une taille totale qui détermine le nombre de points nécessaires pour gagner et la durée de la partie. Les joueurs construisent ensuite un deck de commandement en combinant plusieurs paquets thématiques propres à leur faction, ce qui définit leur stratégie et met en avant des personnages emblématiques. Les vaisseaux disposent de caractéristiques physiques et de valeurs de mission qui déterminent les types d’objectifs à accomplir. En réussissant ces missions, en détruisant des vaisseaux ou en construisant des bases stellaires, les joueurs gagnent des points de victoire. La partie se déroule sur un plateau modulaire composé de secteurs à explorer, révélant planètes, nébuleuses ou événements inspirés d’épisodes de la série. L’ensemble évoque une saison complète de Star Trek, où exploration, missions, amélioration des vaisseaux et combats se mêlent pour offrir une expérience fidèle à l’esprit de la saga.