Invincible: Aftermath est un jeu coopératif de construction de deck dans lequel votre paquet n’est jamais mélangé. Votre objectif est de vaincre le Boss avant qu’il ne détruise votre équipe ou le Monde d’origine que vous défendez. Il s’agit d’une extension autonome, mais elle peut être combinée avec Invincible: The Card Game. Lors de chaque affrontement, vous commencez avec un deck propre à votre personnage et une capacité spéciale unique. À vous ensuite de développer votre deck, de charger votre pouvoir et de choisir judicieusement votre stratégie. L’ennemi ne vous laissera aucun répit, envoyant des vagues de sbires, lançant des attaques pour ravager la ville et vous forçant à vous adapter à ses capacités particulières. Le jeu peut se jouer sous forme de combat unique ou en mode campagne. Au fil de la campagne, vous débloquez des attaques d’équipe et des capacités de combo pour renforcer votre groupe. Après chaque combat, les ennemis deviennent plus puissants, obligeant les joueurs à ajuster en permanence leurs stratégies. Le mode Expédition ajoute de nouveaux Boss, Villes, Inventions, Combos et Attaques d’équipe, ainsi qu’un nouveau mécanisme inédit : les Spectateurs. Les joueurs perdent si leur total de points de vie tombe à zéro ou si le Vilain remplit l’une des conditions de victoire spécifiques indiquées sur sa carte.