Blue Lagoon est un jeu de contrôle de territoire et de collection d’ensembles dans lequel les joueurs dirigent un groupe de colons s’étendant sur les îles d’un archipel récemment découvert. La partie se déroule en deux phases, une phase d’exploration suivie d’une phase de colonisation. Au cours de ces deux phases, les joueurs développent leur présence sur le plateau en ajoutant un nouveau pion à chaque tour, soit un colon, soit un village. L’objectif est de récupérer les ressources dispersées sur la carte en plaçant ses pions dessus. Lors de la première phase, un pion peut être placé n’importe où, à condition qu’il touche le lagon ou l’un de vos pions déjà en jeu. Lors de la seconde phase, le plateau est nettoyé à l’exception des villages, et l’expansion ne peut alors se faire qu’à partir des villages posés durant la première phase. À la fin de chaque phase, les joueurs marquent des points en fonction des ensembles de ressources collectés. Celui qui totalise le plus de points remporte la partie.