Dans Batman: Gotham City Chronicles, un vilain affronte une équipe de héros à travers l’un des nombreux scénarios proposés. Chaque héros possède son propre personnage, qu’il contrôle en dépensant de l’énergie pour effectuer des actions comme des attaques de mêlée ou à distance, la désactivation de bombes, etc., et récupère plus ou moins d’énergie en début de tour selon sa posture. Lorsqu’un héros subit des dégâts, l’énergie est déplacée vers une zone de blessure, et s’il perd toute son énergie, il est mis hors d’action pendant un moment afin de reprendre des forces. Chaque héros dispose de capacités aux puissances variables, représentées par des dés de couleur avec des valeurs différentes. Plus un héros dépense d’énergie pour une capacité, plus il peut lancer de dés de la couleur correspondante. Le vilain contrôle une équipe de sbires et de personnages emblématiques de l’univers Batman, représentés par des tuiles sur son plateau de commandement. Ces personnages coûtent 1, 2, 3 points d’énergie ou plus à activer, en avançant de gauche à droite sur la ligne. Une fois un personnage activé, sa tuile est déplacée en fin de ligne, augmentant son coût au maximum si l’on souhaite l’utiliser de nouveau immédiatement, tout en réduisant le coût des autres tuiles. Le système de jeu de Batman: Gotham City Chronicles est basé sur celui de Conan, avec des ajustements des capacités des personnages, l’ajout de deux nouveaux types de dés pour un total de cinq, ainsi qu’un mode Versus modifié pour deux joueurs, dans lequel chaque joueur dispose d’un plateau de commandement et de sa propre équipe de tuiles à drafter, opposant directement héros et vilains.