Dans Alma Mater, les joueurs incarnent le recteur de l’une des universités indépendantes du XVe siècle. Leur objectif est de renforcer la réputation et le prestige de leur établissement. Pour y parvenir, ils doivent recruter les meilleurs professeurs et étudiants, échanger des connaissances avec les autres écoles et devenir experts dans les quatre disciplines enseignées par leur université.